O Departamento de Ciência e de Recursos Naturais criado em 2015 e resultado da alteração orgânica do Município do Funchal que levou à fusão dos Departamentos de Ciência e de Espaços Verdes, depende da Vice-Presidência da Câmara, com o pelouro da Ciência e Conhecimento. Compete-lhe, entre outras, assegurar a coordenação estratégica da ação científica do universo municipal, monitorizar as alterações da biodiversidade, coordenar a atividade editorial científica da autarquia, promover o estabelecimento de uma Estrutura Ecológica Municipal, promover a Eficiência Energética e as Energias Renováveis, propor as adaptações do município às Alterações Climáticas, promover o Bem-estar Animal, etc.

Superintende a Divisão de Jardins e Espaços Verdes Urbanos, que congrega as hortas urbanas e os cemitérios municipais, a Divisão de Conservação da Natureza e Recursos Naturais, que congrega o Parque Ecológico do Funchal, o Museu de História Natural do Funchal e a Estação de Biologia Marinha do Funchal. Possui ainda um Centro de Documentação e Informação especializado.

O Departamento de Ciência tem por missão:

• Inventariar, catalogar e colecionar os valores naturais do Arquipélago da Madeira, com particular destaque para a biodiversidade;
• Monitorizar, através da investigação científica, a evolução temporal da biodiversidade no Arquipélago da Madeira em particular e na Macaronésia em geral;
• Promover a divulgação do conhecimento científico sobre a Natureza da Macaronésia em geral e do arquipélago da Madeira em particular, sob as mais diversas formas e para todos os públicos, contribuindo assim para a educação das populações.

Compete ao Departamento de Ciência:

• Definir a estratégia necessária para a concretização da política científica da Autarquia, coordenando o Museu de História Natural do Funchal e a Estação de Biologia Marinha do Funchal;
• Assegurar uma representação digna da Autarquia nos vários fóruns científicos em que a mesma deva estar representada;
• Colaborar e cooperar com pessoas e entidades públicas ou privadas, em ordem a assegurar a valorização científica das populações e a divulgação e estudo do património natural da Região;
• Apoiar a realização de exposições temporárias, conferências, seminários e palestras nos diversos domínios da Ciência e Tecnologia e promover o contacto e intercâmbio entre investigadores;
• Coordenar a atividade editorial da Autarquia no plano das publicações de natureza técnica e científica e manter em bom funcionamento um centro de informação e documentação científica e técnica.