Localizado no Palácio de São Pedro, um dos mais nobres e belos edifícios dos finais do século XVIII existentes na cidade, o Museu Municipal do Funchal (História Natural) foi inaugurado oficialmente a 5 de Outubro de 1933. Até Setembro de 1929, altura em que a Câmara Municipal do Funchal adquiriu o Palácio, este edifício pertenceu à família dos Condes de Carvalhal. O seu primeiro Director foi o Sr. Adolfo César de Noronha, um naturalista madeirense que se dedicou ao estudo da Ictiologia, da Ornitologia, da Malacologia e da Carcinologia do Arquipélago.

Criado inicialmente como Museu Regional, abarcava para além da História Natural, a Etnografia e a Arqueologia. Contudo, e ao longo da sua existência, foi-se especializando cada vez mais na História Natural sendo, neste momento, o seu âmbito exclusivo.

Com a inestimável acção do Doutor Günther Maul, eminente taxidermista e cientista de origem alemã, que desempenhou a função de Director deste Museu entre 1943-1981, a instituição passou a dispor de uma colecção cada vez maior de animais montados e outros espécimes biológicos e geológicos distribuídos ao longo de 6 salas.

Entre 1981-1994, o Dr. Manuel José Biscoito assumiu a função de Director do Museu cargo que acumulou com inúmeras actividades científicas, destacando-se na área da Ictiologia.

A existência do Aquário Municipal deve-se em grande parte ao Sr. Charles L. Rolland, industrial de bordados na Madeira que, em 1951, ofereceu à Câmara Municipal do Funchal 30 mil escudos e material para que a sua construção se concretizasse. A Câmara resolveu construí-lo no rés-do-chão do Palácio de São Pedro, local onde ainda hoje funciona. Sob a orientação técnica e científica do Doutor Günther Maul, inaugurou-se, em Dezembro de 1953, o Aquário com 15 tanques de exposição nos quais se encontram representados os mais importantes elementos da fauna marinha costeira da Madeira.

O Museu Municipal do Funchal (História Natural) está integrado no Departamento de Ciência da Câmara Municipal do Funchal, entidade que tutela e financia esta instituição.

Objectivos:

- Proceder à colheita de espécimes do património natural madeirense, de modo a enriquecer e manter actualizadas as colecções científicas;
- Desenvolver projectos de investigação científica nos grupos zoológicos, botânicos, geológicos de modo a garantir um melhor conhecimento do património natural madeirense;
- Efectuar trabalhos de taxidermia para fins científicos, museológicos ou didácticos;
- Proceder ao tratamento e manutenção do Aquário Municipal, de modo a garantir uma exposição de organismos marinhos vivos, que ilustrem ao visitante parte da fauna marinha costeira da ilha da Madeira;
- Desenvolver acções de Educação Ambiental;
- Assegurar o acolhimento, acompanhamento e informação do público e utentes do Museu e a prestação de informações no âmbito da História Natural da Região;
- Promover o intercâmbio e a cooperação com outros museus e instituições científicas, públicos e privados da Região ou de fora dela;
- Proceder à edição das publicações científicas do Museu, o Boletim do Museu Municipal do Funchal e a Bocagiana.

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