Compete a Estação de Biologia Marinha do Funchal:

- Assegurar a sua organização, gestão e funcionamento; 
- Proceder a investigações cientificas na área das Ciências do Mar; 
- Efectuar recolha de espécimes biológicos e geológicos e contribuir para o enriquecimento das colecções do Museu Municipal do Funchal (História Natural);
- Promover o intercambio e a cooperação com outras aliterações cientificas, públicas ou privadas, da Região Autónoma da Madeira ou de fora dela, assegurando nomeadamente o acolhimento de investigadores visitantes;
- Colaborar com outras entidades em actividades relacionadas com a conservação do meio marinho e a educação ambiental;
- Prestar apoio técnico a autarquia no tocante à sua política de ordenamento e gestão da orla costeira;
- Promover actividades de formação de recursos humanos.

A Estacão de Biologia Marinha do Funchal será chefiada por um director equiparado a chefe de divisão.